蝴蝶監察
蝴蝶的存活除有賴於寄主及蜜源植物外，牠們的繁殖能力更對環境的變化非常敏感。自從七十年代村民棄耕後，令有利蝴蝶繁殖的植物變為一大片野草。在自然及保育基金的支助下，進行鳳園蝴蝶保育計劃，於棄耕的土地上重新植下多種植物。計劃開始至今，蝴蝶物種已超過180種，成績令人鼓舞。本會委託香港鱗翅目學會每月於保育區範圍內進行蝴蝶普查，記錄蝴蝶的物種和其數量，以監察鳳園的生態質素。

雀鳥監察
鳳園的生境多樣性可從雀鳥的品種及數目反映出來，鳳園的生態環境包括九龍坑山的河谷地形、山腰的灌木叢和草地及茂密的樹林和果園，孕育出超過100個的雀鳥品種。

本會委託香港觀鳥會進行每季一次的雀鳥普查，記錄由計劃開始至今在鳳園谷範圍內所見的雀鳥品種及數目，從而推斷保育計劃對雀鳥的數量及其品種的影響。

寄主植物監察
鳳園植物品種繁多，寄主植物由常見的野草（例如：酢醬草）以至罕有及受保護的攀藤（例如：寬藥青藤），皆可以在鳳園找到。由於蝴蝶幼蟲幾乎都有固定的寄主植物（即蝴蝶幼蟲攝食的植物），其棲息環境亦不會遠離寄主植物的範圍。例如，在裳鳳蝶和紅珠鳳蝶出現的地方，其寄主植物印度馬兜玲也應該在附近不遠處。

寄主植物監察目的在於勾劃出在保育區內的寄主植物的品種及其位置，從以推斷出區內可能繁殖到的蝴蝶品種，例如該區植有白蘭樹，統帥青鳳蝶和木蘭青鳳蝶理應也有機會在該區繁殖。本會委託香港中文大學生物系負責統籌有關之監察活動。

環境監察
為監察鳳園環境在面對附近工程的變化，香港專業教育學院(柴灣)正進行水質、空氣及噪音的監察，以對各種影響鳳園生態及居民的影響，作出即時及有效的評估及反應。